Mubee#4: L’alfabeto di PubMed
di Paolo Balzaretti
@P_Balzaretti
In questo post analizzeremo più nello specifico quali sono le basi per creare un ricerca efficace su PubMed.
Le parole di PubMed
Su PubMed cerchiamo informazioni riguardanti malattie, procedure, farmaci e così via; per ottenere le citazioni che ci servono possiamo impostare le nostre “stringhe di ricerca”, ovvero l’insieme di caratteri alfa-numerici che descrivono l’oggetto della ricerca, in una delle seguenti modalità:
- L’approccio più grezzo, quello della ricerca di base (“basic search”), nel quale inseriamo direttamente le parole che indicano l’argomento di cui ci occupiamo senza ulteriori specificazioni; per esempio, nel caso dell’embolia polmonare, pulmonary embolism.
- Una modalità differente è quella di tentare di individuare citazioni che contengano al loro interno le parole che si riferiscono all’oggetto della nostra ricerca. Proseguendo con il nostro esempio, la stringa “pulmonary embolism”[TIAB] restituirà le citazioni che contengono il termine pulmonary embolism o nel titolo o nell’abstract. Se vogliamo limitare la ricerca al titolo, utilizzeremo la stringa “Pulmonary embolism”[TI]. Se vogliamo cercare il termine ovunque nella citazione (titolo, abstract, lista dei termini mesh, tipo di pubblicazione, etc) utilizzeremo il tag [text word]; nel nostro caso avremo dunque “Pulmonary embolism”[text word].
- Un ulteriore possibilità è quella di impiegare i termini MeSH. I termini MeSH sono descrittori abbinati manualmente ad ogni citazione da personale esperto della National Library of Medicine dopo la lettura del lavoro. Dedicheremo ai termini MeSH tutto il prossimo post.
I Tag (etichette)
Come abbiamo visto nel post precedente, ogni citazione si può considerare come una scheda che contiene tutte le informazioni, organizzate in campi (per es, titolo dell’articolo, primo autore, etc). L’impiego delle parentesi quadre [ ] serve proprio ad indicare in quale campo della citazione dobbiamo ricercare i termini che abbiamo racchiuso tra le virgolette “ “. Vediamo alcuni esempi per chiarirci le idee:
- “cells”[TA] ricerca tutte le citazioni contenute in riviste con il termine cells nel titolo; in altri termini, ricerca tutte le citazioni nei cui campi “titolo del giornale” è racchiusa la parola cells.
- “cells”[Mesh Terms] ricerca tutte le citazioni associate al termine mesh cells; in altri termini, ricerca tutte le citazioni nei cui campi dei termini Mesh è presente la parola cells;
- “cells”[TIAB] ricerca tutte le citazioni nel cui titolo o abstract compare il termine cells; in altri termini, cerca tutte le citazioni nei cui campi titolo e abstract è presente la parola cells.
Per una li sta completa dei tag vedi.
L’asterisco
Rappresenta un simbolo jolly (wildcard in inglese) che può essere impiegato per troncare un termine. Per esempio, inserendo atheroscl* verranno ricercate tutte le parole che racchiudono come radice Atheroscl: per esempio, atherosclerosis, atherosclerotic, etc.
Gli operatori booleani
Per rispondere ai nostri quesiti, nella maggior parte dei casi, dobbiamo costruire stringhe di ricerca che richiedono la combinazione di più termini. Per fare ciò, abbiamo due possibilità: di nuovo, nella modalità di ricerca basica, accosteremo semplicemente i due termini di ricerca, lasciando che PubMed faccia il resto; per esempio, nel caso fossimo interessati a conoscere le evidenze circa l’impiego delle immunoglobuline nel trattamento della sepsi, nel search box scriveremo: immunoglobulin sepsis. PubMed procederà ad un processo di traduzione, per mezzo del sistema “Automatic Search Mapping”, di cui troveremo sempre un esenpio nel box “Search Details”.
Alternativamente possiamo utilizzare i cosiddetti operatori booleani AND, OR, NOT, decidendo noi stessi come combinare tra loro i singoli termini. Vediamoli uno ad uno.
L’operatore AND (riportabile anche con il simbolo &) permette di cercare le citazioni che contengono entrambi i termini di ricerca che esso lega. Per esempio, la stringa “myocardial infarction”[mesh] AND “Mitral Valve Insufficiency”[Mesh] individuerà le citazioni che contengono contemporaneamente il descrittore MeSH Myocardial Infarction e il descrittore MeSH Mitral Valve Insufficiency
L’impiego dell’operatore OR (identificabile anche con il simbolo |, pipe) permette di ottenere le citazioni che contengono almeno uno dei due termini di ricerca. Per esempio, nel caso in cui stessimo cercando termini riguardanti la nefrolitiasi, potremmo utilizzare la stringa “kidney stones”[TIAB] OR “renal stones”[TIAB], la quale ci restituirà tutte le citazioni che contengono nel titolo o nell’abstract l’espressione kidney stones, o renal stones o entrambe.
Infine l’operatore NOT individua le citazioni che contengono il primo termine di ricerca ma non il secondo. In altri termini, la stringa “Myocardial Infarction”[mesh] NOT “Diabetes Mellitus”[mesh] restituirà tutte le citazioni che contengono il descrittore MeSH Myocardial Infarction escludendo quelle associate al termine MesH Diabetes Mellitus.
Nella figura 2 si riassume graficamente quanto detto.
Figura 2. Il rettangolo blu rappresenta l’intero universo delle citazioni di PubMed; i singoli insiemi rappresentano un gruppo di citazioni identificabili attraverso il termine di ricerca al loro interno. Le zone di sovrapposizione tra i box marroni e quelli verdi rappresentano il gruppo di citazioni che incorporano entrambe i termini di ricerca. I poligoni rossi identificano i gruppi di citazioni individuate dalle stringhe di ricerca contenenti gli operatori booleani
Per “organizzare” le ricerche più complesse è utile impiegare le parentesi tonde ( ), le quali individuano i termini cui l’operatore fa’ riferimento. La cosa è più semplice di quanto possa apparire, vediamo un esempio: noi vogliamo cercare studi che analizzino la comparsa di insufficienza valvolare mitralica o aortica in pazienti con infarto miocardico acuto; la sintassi corretta sarà:
“myocardial infarction”[mesh] AND (“Mitral Valve Insufficiency”[Mesh] OR “Aortic Valve Insufficiency”[Mesh])
Se scrivessimo:
(“myocardial infarction”[mesh] AND “Mitral Valve Insufficiency”[Mesh]) OR “Aortic Valve Insufficiency”[Mesh],
PubMed ci restituirebbe tutti gli articoli che contengono contemporaneamente i descrittori “myocardial infarction”[mesh] e “Mitral Valve Insufficiency”[Mesh] più tutte le citazioni che contengono il descrittore MeSH “Aortic Valve Insufficiency”[Mesh], anche quelle che non riguardano l’infarto miocardico acuto.
Come anticipato, nel prossimo post tratteremo i descrittori MeSH.
Bibliografia
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PubMed Help [Internet]. Bethesda (MD): National Center for Biotechnology Information (US); 2005-. PubMed Help. [Updated 2013 Mar 1]. Available from: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK3827/
